Nadhira, Putri Fauzatun (2024) Analisis In Silico Sidik Jari DNA Varietas Kedelai Indonesia (Glycine max (L.) Merr) Berbasis Marka SNP (Single Nucleotide Polymorphism). Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Archive Putri Fauzatun Nadhira.zip Restricted to Repository staff only Download (19MB) | Request a copy
	Text 1. COVER.pdf Download (224kB)
	Text 2. HALAMAN PENGESAHAN.pdf Restricted to Repository staff only Download (321kB) | Request a copy
	Text 4. ABSTRAK.pdf Download (257kB)
	Text 5. ABSTRACT.pdf Download (256kB)
	Text 6. DAFTAR ISI.pdf Download (400kB)
	Text 9. BAB I.pdf Download (1MB)
	Text 14. DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (1MB)

Abstract

Kedelai menempati urutan ketiga setelah padi dan jagung sebagai bahan pangan yang
dikonsumsi di Indonesia. Namun hingga saat ini kebutuhan kedelai nasional sebanyak
90% harus impor dari luar negeri. Salah satu penyebabnya adalah produktivitas
kedelai nasional yang masih rendah. Upaya untuk meningkatkan daya saing lokal
kedelai nasional adalah menggunakan marka SNP. Varietas kedelai yang memiliki
SNP unik berada pada setiap genotip kedelai akan berfungsi sebagai identitas unik
atau sidik jari setiap genotip tersebut. Analisis sidik jari DNA menggunakan marka
SNP memiliki keunggulan dibandingkan dengan marka molekuler lainnya antara lain,
tingkat polimorfisme yang tinggi, bersifat ko-dominan, distribusi yang luas, dan
stabilitas dari generasi ke generasi yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi set marka SNP yang dapat digunakan sebagai penciri identitas
varietas kedelai Indonesia. Analisis LD (linkage disequilibrium) 192 galur dan
varietas kedelai Indonesia dilakukan dengan perangkat lunak TASSEL kemudian
dilanjutkan dengan analisis filogeni hubungan kekerabatan kedelai Indonesia yang
divisualisasikan menggunakan perangkat lunak MEGA-X. Analisis PCA kedelai
Indonesia dengan kedelai global koleksi USDA dilakukan menggunakan R studio.
Peta genotip 20 kromosom kedelai dikonstruksi dengan perangkat lunak GGT2. Set
marka SNP penciri identitas kedelai diformulasi menggunakan perangkat lunak
MinimalMarker. Kurva peluruhan LD (LD decay) menunjukkan nilai rata-rata r² =
0,1 pada jarak 244 kb. Keragaman genetik kedelai Indonesia masih terpusat pada satu
klaster kecil dari seluruh keragaman genetik kedelai-kedelai di dunia. Peta genotip
berbasis marka SNP memiliki pola yang beragam pada setiap kromosom sehingga
berguna untuk menyeleksi marka-marka yang polimorfik dan bermanfaat untuk
keperluan perlindungan varietas tanaman maupun pelacakan pautan marka dengan
sifat-sifat unggul tanaman dalam pemuliaan kedelai. Marka minimal SNP yang dapat
digunakan sebagai penciri identitas 192 kedelai asal Indonesia ditemukan sebanyak
19 set marka SNP.
Kata kunci: Kedelai, Marka DNA, Sidik Jari DNA, SNP

Actions (login required)

View Item