Zulfa, Indana (2026) Karakterisasi Keragaman Genetik Ketela (Manihot esculenta) di Lahan Perkebunan Kudus, Jawa Tengah, Secara Molekular dengan Marker psbA-trnH. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Archive Skripsi_Indana Zulfa_Biologi_2026.zip Restricted to Repository staff only Download (11MB) | Request a copy
	Text 1. COVER.pdf Download (477kB)
	Text 2. HALAMAN PENGESAHAN.pdf Download (1MB)
	Text 4. ABSTRAK.pdf Download (495kB)
	Text 5. ABSTRACK.pdf Download (497kB)
	Text 6. DAFTAR ISI.pdf Download (473kB)
	Text 12. BAB I PENDAHULUAN.pdf Download (647kB)
	Text 17. DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (552kB)

Abstract

Kabupaten Kudus merupakan salah satu sentra produksi ketela di Jawa Tengah,
namun informasi mengenai keragaman genetik ketela dibudidayakan di wilayah
tersebut masih terbatas. Identifikasi ketela pada umumnya hanya didasarkan pada
karakter morfologi dan belum dikaji secara molekular. Pendekatan molekular dapat
menggunakan marker psbA-trnH karena terbukti polimorfik jika dibandingkan
dengan marker lain. Tujuan penelitian yaitu untuk mengidentifikasi tanaman ketela
ketan dari Desa Rejosari (KTT 1, KTT 2, KTT 3) dan ketela pohon dari Desa
Hanggosoco (KTS 1, KTS 2, KTS 3), Kudus, Jawa Tengah, dengan analisis
filogenetik menggunakan marker psbA-trnH. Metode yang digunakan meliputi prasurvei,

isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA, visualisasi DNA,
sekuensing, identifikasi spesies ketela dengan BLAST, konstruksi pohon filogenetik,
dan perbandingan peta haplotipe. Berdasarkan hasil analisis BLASTn terhadap
marker psbA-trnH, tanaman ketela dari Kudus dapat diidentifikasi sebagai spesies
Manihot esculenta. Hal ini ditunjukkan oleh nilai percent identity 100%, query
cover 100%, dan e value 0.0 terhadap sekuens Manihot esculenta pada data
Genbank yang berarti sekuens ketela Kudus identik dengan sekuens Manihot
esculenta. Seluruh spesies ketela dari Kudus berkelompok di klad yang sama
dengan pairwise distance 0,000 dan tergabung dengan satu haplotipe yang sama.
Hal ini menunjukkan tidak ada perbedaan genetik yang terdeteksi antar sampel
ketela Kudus dengan marker psbA-trnH. Temuan ini mengindikasikan bahwa
marker psbA-trnH bersifat konservatif dan kurang efektif untuk mendeteksi
keragaman genetik pada tingkat intraspesifik. Penelitian selanjutnya perlu
menggunakan marker molekuler dengan tingkat variasi yang lebih tinggi, seperti
matK, rbcL, ITS, atau marker untuk mendeteksi keragaman genetik pada tingkat
kultivar atau populasi lokal ketela.

Kata kunci: ketela, molekular, BLASTn.

Actions (login required)

View Item