Annissa, Tita Pratama (2024) Studi Komputasi Interaksi dan Dinamika Molekul Protein E-cadherin dengan Kitosan, Peptida ADTC5 (Ac-CDTPPVC-NH2) dan Vitamin C. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Text 01. Cover.pdf Download (64kB)
	Text 03. Halaman Pengesahan.pdf Download (168kB)
	Text 05. Daftar Isi.pdf Download (110kB)
	Text 09. Abstrak.pdf Download (80kB)
	Text 10. Abstract.pdf Download (7kB)
	Text 13. BAB I Pendahuluan.pdf Download (148kB)
	Text 18. Daftar Pustaka.pdf Download (165kB)

Abstract

Pengobatan penyakit yang menyerang otak menjadi sulit dilakukan karena
adanya penghalang antara darah dengan otak pada jalur paraseluler yaitu blood
brain barrier (BBB). Penghalang tersebut dibentuk dari interaksi antar protein yaitu
Epithelial cadherin (EC), sehingga upaya dalam penghantaran obat ke dalam otak
dapat ditingkatkan dengan menghambat interaksi tersebut. Peptida ADTC5 (AcCDTPPVC-NH2) merupakan salah satu peptida turunan E-cadherin yang mampu
menghambat penghalang antar sel. Kitosan (Cs) digunakan dalam sistem
penghantaran obat sebagai pembawa serta vitamin C merupakan antioksidan kuat
karena kemampuannya menetralisir radikal bebas. Penelitian ini bertujuan untuk
menentukan interaksi antara Cs, ADTC5 dan vitamin C dengan E-cadherin
menggunakan pemodelan, sehingga diperoleh hipotesis bahwa interaksi
menyebabkan perubahan konformasi pada protein E-cadherin dan meningkatkan
permeabilitas BBB serta memprediksi kombinasi dengan urutan yang tepat dalam
penghantaran menuju ke otak.
Interaksi antarmolekul Cs 5 monomer, ADTC5 dan vitamin C dengan
domain EC1 dan EC2 dari E-cadherin dipelajari secara in silico menggunakan
metode mekanika molekul melalui tiga tahap, yaitu : 1) Molecular docking
menggunakan software AutoDock Vina untuk menentukan interaksi pada kompleks
EC1-EC2 dengan Cs, EC1-EC2 dengan ADTC5 dan EC1-EC2 dengan Vitamin C.
2) Simulasi dinamika molekul atau molecular dynamic (MD) menggunakan
software YASARA untuk menentukan perubahan konformasi dari hasil molecular
docking selama 50 ns. 3) Sequential docking untuk menentukan pengaruh urutan
penambahan ligan terhadap energi interaksi. Analisis hasil pada penelitian ini yaitu
nilai energi interaksi, situs ikatan, jarak interaksi, total energi potensial, Root Mean
Square Deviation (RMSD) dan energi bebas ikatan.
Hasil penelitian diperoleh peningkatkan porositas BBB menggunakan peptida
ADTC5 yang berinteraksi pada domain EC1 menghasilkan energi interaksi sebesar
-25,10 kJ/mol, kitosan dapat membawa ADTC5 dan vitamin C sampai menuju sel
target dengan berinteraksi pada domain EC2 menghasilkan energi interaksi sebesar
-30,12 kJ/mol, sedangkan vitamin C dapat berinteraksi pada domain EC1
menghasilkan energi interaksi sebesar -21,34 kJ/mol. Simulasi MD menunjukan
perubahan konformasi pada kompleks EC1-EC2 dengan ADTC5 cukup signifikan
dengan rata – rata total energi potensial sebesar -1638979,77 kJ/mol, rata-rata
perbedaan posisi atom dari struktur awal adalah 11,44 Å dengan variasi ± 3,82 dan
energi bebas ikatan sebesar -17,79 kJ/mol. Sequential docking menunjukkan bahwa
prediksi kombinasi dengan urutan yang tepat yaitu kompleks EC1-
EC2...ADTC5...Vitamin C...Cs dengan energi interaksi sebesar -30,12 kJ/mol.
Kata kunci : Blood brain barrier, Kitosan, Vitamin C, Molecular docking,
Molecular dynamic

Actions (login required)

View Item