Desrianti, Cut Nisrina (2024) Studi In-Silico Pengaruh Perpanjangan Waktu Interaksi Bioaktif dengan Protein Bovine Serum Albumin (BSA) Termodifikasi terhadap Prediksi Potensi Antiagregasi. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Text 01. Cover.pdf Download (227kB)
	Text 03. Halaman Pengesahan.pdf Download (317kB)
	Text 05. Daftar Isi.pdf Download (212kB)
	Text 06. Abstrak.pdf Download (255kB)
	Text 07. BAB 1 PENDAHULUAN.pdf Download (310kB)
	Text 12. Daftar Pustaka.pdf Download (300kB)
	Archive Cut Nisrina Desrianti.zip Restricted to Repository staff only Download (7MB) | Request a copy

Abstract

Lebih dari 30 penyakit degeneratif pada manusia disebabkan oleh agregasi
protein. Agregasi protein terjadi akibat protein yang tidak terlipat atau salah melipat
(misfolded). Ini dapat dipicu oleh gaya hidup yang tidak sehat seperti mengonsumsi
gula terlalu banyak yang kemudian mengarah pada pembentukan Advanced
Glycation End Products (AGEs) hasil reaksi glikasi lalu membentuk plak amiloid.
Hasil penelitian in vitro maupun in silico menunjukkan agregasi protein Bovine
Serum Albumin (BSA) sebagai representasi dari Human Serum Albumin (HSA)
mampu dihambat oleh asam askorbat, asam galat, dan kuersetin. Penelitian in silico
sebelumnya menginteraksikan protein BSA dengan bioaktif menggunakan model
II (setelah pemutusan ikatan disulfida) hanya selama 20 ns. Kualitas hasil simulasi
bergantung pada durasi. Simulasi yang lebih lama dapat meningkatkan akurasi
hasil. Penelitian ini melanjutkan penelitian tersebut dengan memperpanjang waktu
simulasi interaksi bioaktif menjadi 50 ns yang bertujuan untuk menentukan
pengaruhnya terhadap kestabilan konformasi dan kekuatan interaksi serta
memperoleh prediksi potensi anti-agregasi yang lebih optimal.
Penelitian ini diawali dengan mensimulasikan protein BSA native (kode
PDB: 3V03) dan tiga mutan (protein BSA termodifikasi yang diinduksi oleh
pemutusan ikatan disulfida di posisi 75-91 (M1), 513-558 (M2), dan 75-91_513-
558 (M3) dengan tiga bioaktif (asam askorbat, asam galat, dan kuersetin) selama
50 ns. Selanjutnya hasil simulasi dianalisis. Analisis tersebut meliputi analisis
kestabilan konformasi berdasarkan nilai RMSD dan jari-jari girasi, analisis
kekuatan interaksi berdasarkan energi interaksi elektrostatik dan Van der Waals,
dan terakhir, analisis potensi anti agregasi menggunakan server Aggrescan3D 2.0.
Hasil penelitian menunjukkan asam galat dan kuersetin memiliki
konformasi yang lebih stabil dilihat dari nilai RMSD dan jari-jari girasi (Rg) yang
cenderung lebih rendah (RMSD BSA-Asam Galat = 0,298 – 0,5 nm; RMSD BSAKuersetin = 0,31 – 0,501 nm; RMSD BSA-Asam Askorbat = 0,34 – 0,601 nm; Rg
BSA-Asam Galat = 2,726 – 2,835 nm; Rg BSA-Kuersetin = 2,736 – 2,836 nm; dan
Rg BSA-Asam Askorbat = 2,698 – 2,858 nm). Kekuatan interaksi asam galat tidak
lebih kuat daripada kuersetin yang mendominasi di interaksi Van der Waals dan
asam askorbat yang mendominasi di interaksi elektrostatik (EItotal BSA-Asam
Askorbat = -251,217 kJ/mol; EItotal BSA-Kuersetin = -207,058 kJ/mol; dan EItotal
BSA-Asam Galat = -159,925 kJ/mol), tetapi asam galat menunjukkan potensi anti
agregasi yang lebih kuat dilihat dari jumlah residu non-polar di permukaan yang
lebih sedikit, disusul kuersetin dan terakhir asam askorbat. Penelitian ini juga
menemukan bahwa posisi pengikatan lebih berpengaruh pada potensi anti agregasi
daripada kekuatan interaksi. Hasil uji in silico yang telah dilakukan menunjukkan
keselarasan dengan penelitian in vitro sebelumnya. Hal ini membuktikan bahwa
lamanya waktu interaksi mempengaruhi efektivitas bioaktif dalam mencegah
agregasi protein. Oleh karena itu, penelitian ini menegaskan pentingnya
mempertimbangkan waktu interaksi dalam desain terapi anti agregasi protein.

Actions (login required)

View Item