Putri, Keysha Jamala (2024) Kajian Preliminer CRISPR/Cas12a untuk Deteksi Cepat dan Ultrasensitif Bakteri Pseudomonas aeruginosa dengan Gen Virulensi phzA2 Penyebab Food-Borne Disease. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Text 1. Cover.pdf Download (167kB)
	Text 4. Abstrak.pdf Download (214kB)
	Text 5. Abstract.pdf Download (167kB)
	Text 6. Daftar Isi.pdf Download (118kB)
	Text 10. BAB I.pdf Download (161kB)
	Text 14. Daftar Pustaka.pdf Download (149kB)
	Archive Keysha Jamala Putri.zip Restricted to Repository staff only Download (8MB) | Request a copy

Abstract

Food-borne Disease dapat menimbulkan masalah kesehatan global yang signifikan. Foodborne disease merupakan salah satu penyakit yang diakibatkan oleh konsumsi makanan atau
minuman yang telah tercemar oleh mikroorganisme patogen atau zat . Salah satu bakteri Gram
negatif penyebab Food-borne Disease yang dapat mengkontaminasi bahan pangan adalah
Pseudomonas aeruginosa. Metode deteksi akurat keberadaan P. aeruginosa diperlukan untuk
mengidentifikasi dan mengendalikan penyebaran patogen. Sistem CRISPR/Cas12a merupakan
salah satu kandidat metode deteksi berbasis asam nukleat spesifik. Gen virulensi phzA2 berperan
penting dalam jalur biosintesis fenazin yang bertanggungjawab dalam kemampuan interaksi dan
koinfeksi bakteri terhadap jaringan inang. Gen phzA2 relatif konservatif dibandingkan
mikroorganisme patogen lain, sehingga berpotensi sebagai penanda deteksi berbasis
CRISPR/Cas12a yang sensitif dan spesifik dalam mengidentifikasi kontaminasi P. aeruginosa.
Tujuan penelitian ini yaitu merancang dan menganalisis crRNA & primer forward serta primer
reverse gen phzA2 secara in silico, optimalisasi suhu annealing primer gen phzA2, menguji
spesifisitas dan sensitivitas primer phzA2, menguji batas deteksi primer phzA2 pada sampel pangan,
dan menganalisis sekuensing gen phzA2. Tahapan penelitian ini yaitu pencarian sekuens gen phzA2,
desain dan analisis crRNA serta primer gen phzA2, kultivasi dan rekultivasi isolat bakteri, ekstraksi
DNA bakteri, pengenceran primer phzA2, PCR gen phzA2, uji spesifisitas dan sensitivitas,
pengenceran bertingkat dan TPC, persiapan sampel spike, elektroforesis produk PCR, analisis
sekuensing gen phzA2. Desain crRNA dilakukan menggunakan software Benchling dan Primer3,
dianalisis berdasarkan persyaratan. Hasil optimasi suhu annealing pada 59°C menunjukkan band
paling terang dan jelas. Hasil uji spesifisitas menunjukkan bahwa gen phzA2 hanya terekspresi pada
P. aeruginosa dan batas sensitivitas deteksi P. aeruginosa dengan gen phzA2 adalah 5,3 x 106. Batas
deteksi sampel spike P. aeruginosa yaitu yaitu 106
Keyword: Food-borne Disease, CRISPR/Cas12a, Pseudomonas aeruginosa, phzA2, Biosenso

Actions (login required)

View Item