Al Mira, Al Mira (2024) Pendekatan DNA Metabarcoding dalam Identifikasi Diversitas Mikrobiota Laut di Kawasan Pesisir Kepulauan Karimunjawa, Jepara. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Text 1. COVER.pdf Download (443kB)
	Text 3. HALAMAN PENGESAHAN.pdf Restricted to Repository staff only Download (222kB) | Request a copy
	Text 5. ABSTRAK.pdf Download (162kB)
	Text 6. ABSTRACT.pdf Download (158kB)
	Text 7. DAFTAR ISI.pdf Download (144kB)
	Text 11. BAB I.pdf Download (181kB)

Abstract

Kepulauan Karimunjawa merupakan salah satu taman nasional di Kabupaten
Jepara, Jawa Tengah yang terkenal akan kekayaan sumber daya alam bawah
lautnya. Tingginya aktivitas antropogenik seperti akuakultur, pariwisata, perikanan
tangkap, dan dermaga di kawasan tersebut dapat menyebabkan ancaman terhadap
daerah pesisir diantaranya erosi pantai, intrusi air laut, dan kerusakan lingkungan.
Oleh karena itu, dibutuhkan upaya penilaian kondisi lingkungan perairan melalui
identifikasi mikroorganisme dengan teknik molekuler (DNA metabarcoding).
Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji diversitas mikrobiota laut dan potensinya
sebagai indikator perubahan lingkungan di kawasan pesisir Kepulauan
Karimunjawa. Sampel eDNA dikoleksi dari permukaan perairan dan difiltrasi
menggunakan kertas saring dengan ukuran pori 0,45 µm, dilanjutkan dengan
sampel diekstraksi menggunakan Zymo Fecal/Soil DNA Kit dan tingkat kemurnian
DNA diukur menggunakan spektrofotometri Nanodrop. Sekuensing DNA
menggunakan penanda genetik 16S rRNA pada region V3-V4 dan teknologi Next
Generation Sequencing (NGS) platform Illumina MiSeq. Hasil sekuensing
dianalisis menggunakan QIIME2 dan R Studio. Pada ketiga lokasi penelitian
teridentifikasi keanekaragaman mikrobiota yang tergolong tinggi dengan komposisi
2 kingdom, 11 filum, 11 kelas, 11 ordo, dan 12 famili. Sebagian besar taksa yang
berada di lokasi antropogenik lebih banyak berpotensi sebagai bakteri patogen.
Sedangkan pada lokasi non-antropogenik, mayoritas taksanya memiliki peran
ekologis yang bervariasi dan cenderung menguntungkan bagi lingkungan akuatik.
Keberadaan mikrobiota laut dari famili Arcobacteraceae (filum Campilobacterota)
dan Nitrincolaceae (filum Proteobacteria) mengindikasikan bahwa lingkungan
perairan pada lokasi antropogenik (dekat dengan akuakultur) kurang baik bagi
keberlangsungan hidup biota akuatik. Sedangkan lingkungan perairan pada lokasi
non-antropogenik (jauh dari kawasan akuakultur) memiliki kualitas air yang baik
dibuktikan dengan adanya taksa dari famili Cyanobiaceae (filum Cyanobacteria).
Kata kunci: gen 16S rRNA, DNA metabarcoding, mikroorganisme, keanekaragaman, antropogenik

Actions (login required)

View Item