Akmal, Safiya (2025) Studi In Silico: Potensi Anti-HIV Bioaktif Ellagitannin Tanaman Delima (Punica granatum) melalui Inhibisi HIV Integrase-LEDGF/p75 secara Dinamika Molekuler. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Archive Safiya Akmal.zip Restricted to Repository staff only Download (5MB) | Request a copy
	Text 1. COVER.pdf Download (213kB)
	Text 5. DAFTAR ISI.pdf Download (242kB)
	Text 9. ABSTRAK.pdf Download (187kB)
	Text 10. ABSTRACT.pdf Download (121kB)
	Text 11. BAB I PENDAHULUAN.pdf Download (227kB)

Abstract

Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan virus yang menyerang
sistem imun manusia dan dapat menyebabkan Acquired Immunodeficiency
Syndrome (AIDS). Kasus infeksi HIV terus meningkat di berbagai belahan dunia,
termasuk Indonesia, sehingga diperlukan alternatif terapi baru yang mampu
mengatasi masalah resistensi terhadap terapi antiretroviral konvensional. Penelitian
ini mengeksplorasi potensi senyawa bioaktif ellagitannin dari tanaman delima
(Punica granatum), seperti asam ellagik, punicalin, dan punicalagin, sebagai
kandidat inhibitor enzim HIV-1 integrase yang bergantung pada LEDGF/p75.
Metode yang digunakan adalah simulasi dinamika molekuler berbasis program
GROMACS pada sistem operasi Linux/Ubuntu. Analisis mencakup parameter jarijari girasi, RMSD, RMSF, energi interaksi enzim-ligan, serta perubahan konformasi
pada sisi aktif enzim. Visualisasi dilakukan menggunakan Chimera 1.11.2 untuk
mengidentifikasi residu kunci dalam pengikatan ligan dan mengamati perubahan
konformasi pada domain katalitik enzim. Hasil penelitian menunjukkan bahwa
senyawa punicalagin memiliki potensi penghambatan paling signifikan terhadap
HIV-1 integrase-LEDGF/p75, diikuti oleh punicalin, asam ellagik, dan
pirmitegravir. Interaksi energi terkuat ditemukan pada pirmitegravir (-168,5673)
dan asam ellagik (-148,0386), sedangkan perubahan konformasi terbesar pada sisi
katalitik enzim teramati pada punicalagin (0,2227) dan punicalin (-0,2069).
Mekanisme penghambatan terjadi melalui interaksi gugus -C=O, -OH, dan -CH3
dengan residu penentu Phe-181 dan Ile-182, yang memicu mekanisme inhibisi
induced fit. Hal ini menyebabkan perubahan struktur pada Catalytic Core Domain
(CCD) enzim HIV-1 integrase sehingga menghambat integrasi DNA virus ke dalam
DNA kromosom. Dengan demikian, ellagitannin dari delima berpotensi
dikembangkan sebagai kandidat obat baru untuk terapi HIV.

Actions (login required)

View Item