NABILAH, ZATA and SUTOPO, SUTOPO and Lestari, Dela Ayu (2024) Keragaman Genetik Berdasarkan Sekuen Gen D Loop Pada Kelinci New Zealand White. Undergraduate thesis, Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro.

	Text BAB 1-3 Zata Nabilah.pdf Download (194kB)
	Text SKRIPSI FINAL_ZATA NABILAH.pdf Restricted to Repository staff only Download (6MB)

Abstract

Penelitian bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik kelinci NZW yang dipelihara oleh peternak rakyat dan menyusun pohon filogenetik kelinci berdasarkan sekuen gen D loop. Penelitian dilaksanakan dari bulan November 2023 – Januari 2024 di Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro. Kandang. Materi yang digunakan adalah 14 sampel darah kelinci NZW yang tidak memiliki hubungan darah antara satu individu dengan individu lainnya. DNA diisolasi sesuai prosedur Thermo Scientific GeneJet Genomic DNA Purification Kit. Desain primer dilakukan dengan menggunakan program BLAST. Analisis PCR dilakukan dengan prosedur MyTaq HS Red Mix. Analisis sekuensing dilaksanakan melalui jasa PT. Genetika Science Indonesia, Jakarta. Primer yang digunakan untuk amplifikasi DNA yaitu primer forward 5’-agt gct ttg ctt tgt tgt taa gc-3’, primer reverse 5’-act taa act acc ctc tgc tct-3’. Parameter yang diukur dalam penelitian ini adalah keragaman nukleotida, keragaman haplotipe, dan jarak genetik. Penjajaran nukleotida, analisis jarak genetik dan pembentukan pohon filogeni menggunakan perangkat lunak Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) versi 11. Keragaman nukleotida dan keragaman haplotipe dianalisis menggunakan perangkat lunak dnaSP v6. 12. 03. Sekuen data yang diperoleh disejajarkan dengan sumber data dari GenBank.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi yang terjadi pada sekuen gen D Loop kelinci NZW terdiri dari mutasi substitusi transisi, transversi dan mutasi delesi dengan nilai keragaman genetik sebesar π = 0,00671. Terdapat 3 tipe haplotipe dengan tipe haplotipe 1 berisi dua sampel, tipe haplotipe 2 berisi satu sampel, dan tipe haplotipe 3 berisi tujuh sampel dengan nilai keragaman haplotipe Hd = 0,511. Jarak genetik antara kelinci NZW dengan pembandingnya berkisar antara 0,0000 – 0,0164. Pohon filogeni menunjukkan bahwa Kelinci NZW terbagi menjadi 2 subklaster dengan nilai bootstrap 100. Jarak genetik dan pohon filogeni menunjukkan bahwa sampel kelinci NZW memiliki kedekatan dengan kelinci lokal.

Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa NZW pada peternakan rakyat memiliki keragaman genetik rendah hal ini dimungkinkan berasal dari dua sumber tetua yang berbeda atau secara maternal berasal dari dua tetua yang berbeda.

Actions (login required)

View Item