Az Zahra, Alya Salwa (2025) Studi Komputasi Dinamika Molekul Kompleks E-Cadherin…Kitosan dengan Variasi Temperatur. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika.

	Text 1. COVER.pdf Download (181kB)
	Text 5. DAFTAR ISI.pdf Download (295kB)
	Text 11. ABSTRAK.pdf Download (282kB)
	Text 13. BAB I PENDAHULUAN.pdf Download (329kB)
	Archive Alyasalwaazzahra.zip Restricted to Repository staff only Download (6MB) | Request a copy

Abstract

Pengobatan penyakit otak sulit dilakukan karena adanya penghalang antara
pembuluh darah dengan otak pada jalur paraseluler yaitu Blood Brain Barrier
(BBB). Pada jalur ini terdapat protein penghalang yang terbentuk karena interaksi
antar E-cadherin. Porositas pada jalur paraseluler dapat ditingkatkan dengan
penambahan peptida untuk memodulasi interaksi E-cadherin…E-cadherin pada
adherens junction (AJ). Fungsi peptida sebagai modulator dapat ditingkatkan
dengan kitosan (Cs) sebagai pengenkapsulasi. Cs digunakan sebagai penghantar
obat ke sel karena sifatnya biocompatible, biodegradable, dan memiliki gugus aktif
-NH2 dan -OH yang dapat berinteraksi dengan bagian anionik membran sel
endotelial BBB pada otak. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan pengaruh
situs interaksi, jarak interaksi dan energi interaksi terhadap kompleks EC1-
EC2…Cs. Selain itu, menentukan kestabilan kompleks EC1-EC2…Cs dengan
pengaruh temperatur mesofilik dan termofilik.
Reseptor yang digunakan adalah protein E-cadherin domain EC1-EC2.
Ligan yang digunakan adalah segmen polimer Cs dengan 5 monomer (pentamer).
Interaksi kompleks EC1-EC2…Cs dihitung secara in silico menggunakan metode
mekanika molekul. Perhitungan dilakukan dua tahap yaitu molecular docking dan
dinamika molekul (MD) menggunakan software YASARA pada temperatur 300 K,
305 K, 310 K, 315 K, dan 320 K selama 50 ns. Analisis hasil pada penelitian ini
yaitu nilai energi interaksi, situs ikatan, jarak interaksi, total energi potensial, Root
Mean Square Deviation (RMSD), radius girasi (Rg), energi bebas ikatan, dan
perubahan interaksi protein-ligan selama simulasi.
Energi interaksi kompleks EC1-EC2…Cs adalah -30,12 kJ/mol pada
temperatur 310 K (37℃). Stabilitas konformasi kompleks EC1-EC2…Cs
menunjukkan bahwa pada temperatur 310 K merupakan konformasi yang paling
stabil, dengan nilai radius girasi terendah sebesar 2,739 nm, nilai RMSD terendah
sebesar 8,162 Å, dan nilai energi bebas ikatan terendah sebesar -338,218 kJ/mol.

Actions (login required)

View Item