Damayanti, Ayu Octa Damayanti (2022) Studi Interaksi dan Dinamika 3CL Protease SARS-CoV-2 dengan Inhibitor Protease Menggunakan Metode Molecular Docking dan Dinamika Molekul. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika.

	Text 1. Cover.pdf Download (422kB)
	Text 5. Abstrak.pdf Download (365kB)
	Text 6. Abstract.pdf Download (322kB)
	Text 12. BAB I.pdf Download (396kB)
	Text 13. BAB II.pdf Download (1MB)
	Text 16. BAB V.pdf Download (330kB)
	Text 17. Daftar Pustaka.pdf Download (1MB)

Abstract

Pengembangan obat dan vaksin untuk menanggulangi pandemi Coronavirus Disease
2019 (Covid19) terus berkembang meskipun pandemi tersebut sudah lebih dari satu tahun. Sifat
virus yang mudah menyebar membuat obat antivirus untuk Covid19 sulit untuk dikembangkan.
Hal ini meyebabkan studi tentang potensial obat pada tingkat molekuler sangat diperlukan.
Berdasarkan target protein potensial dalam virus corona, 3-Chymotrypsin like protease
(3CLpro) merupakan protein yang memiliki kemiripan sekuens asam amino hingga 96% antara
SARS-CoV dengan SARS-CoV-2. Protein 3CLpro berperan dalam proses replikasi dengan
memotong poliprotein virus untuk menghasilkan protein non-struktural. Penelitian ini
bertujuan untuk menentukan prediksi interaksi yang terbaik antara 3CLpro SARS-CoV-2
dengan inhibitor protease berdasarkan nilai energi ikatan dan konstanta inhibisi menggunakan
molecular docking dan menentukan pengaruh temperatur terhadap kestabilan konformasi
kompleks protein-ligan hasil molecular docking dengan simulasi dinamika molekul. Metode
yang digunakan adalah mekanika molekul yang dibagi menjadi dua tahap yaitu molecular
docking dan dinamika molekul. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa saquinavir
menghasilkan interaksi yang terkuat berdasarkan nilai energi dan konstanta inhibisi (Ki)
terendah. Sedangkan hasil simulasi dinamika molekul menunjukkan kestabilan konformasi
kompleks protein-ligan yang rendah pada temperatur 38oC karena menghasilkan interaksi residu yang paling sedikit, total energi potensial paling tinggi, serta fleksibilitas residu asam
amino paling banyak. Kompleks protein-ligan yang paling tidak stabil yaitu saquinavir berdasarkan nilai energi potensial, RMSD, dan radius girasi yang paling tinggi, serta binding
free energy yang lemah.
Kata Kunci: Protein 3CLpro, mekanika molekul, interaksi, Stabilitas protein-ligan

Actions (login required)

View Item