Napitupulu, Christina L Minar and Sihombing, Nydia Rena Benita and Winarni, Tri Indah (2026) Establishment of Triplet Primed PCR Technique for Fragile X Syndrome Genetic Testing. Masters thesis, Universitas Diponegoro.

Text (Christina L Minar Napitupulu-22010123410002-Tesis-Abstract) CHRISTINA L MINAR NAPITUPULU-22010123410002-TESIS-ABSTRACT.pdf Download (216kB)

Abstract

Latar Belakang: Sindrom Fragile X (FXS) merupakan penyebab genetik paling umum dari disabilitas intelektual yang diturunkan. Dalam menegakkan diagnosis FXS, teknik southern blot masih dianggap sebagai standar emas. Namun demikian, metode ini memerlukan tenaga yang besar, biaya yang tinggi, serta sulit untuk diterapkan secara rutin di laboratorium klinis. Sebagai alternatif, triplet primed PCR (TP-PCR) dapat menjadi metode yang andal untuk diagnosis FXS. Berdasarkan protokol rujukan yang dikembangkan oleh Rajan-Babu dkk. (2022), dTP-PCR mampu mendeteksi alel yang mengalami ekspansi pada gen FMR1 melalui dua pendekatan, yaitu metode satu tahap (one-step assay) dan dua tahap (two-step assay).
Tujuan: Untuk mengidentifikasi alel gen FMR1 menggunakan TP-PCR sebagai metode pemeriksaan genetik FXS di satu-satunya pusat layanan FXS di Indonesia.
Metode: Penelitian ini merupakan studi deskriptif dengan pendekatan diagnostik. Sebanyak 10 sampel DNA yang sebelumnya telah diketahui alel gen FMR1-nya, DNA kontrol (53 CGG repeat) dan non-template control (NTC) digunakan dalam penelitian ini. Amplifikasi dTP-PCR serta Melting Curve Analysis (MCA) menggunakan High Resolution Melting Platform dilakukan untuk mengidentifikasi alel yang mengalami ekspansi pada gen FMR1.
Hasil: Optimasi dilakukan pada proses preparasi mastermix serta penyesuaian profil amplifikasi, yang meliputi tahap denaturasi, annealing, ekstensi, final extension, serta pengaturan suhu ramp, untuk memperoleh kondisi optimal dalam proses amplifikasi dan melting curve analysis. Hasil MCA menunjukkan bahwa sampel yang diklasifikasikan sebagai alel dengan ekspansi (FM dan PM) berada di sisi kanan kontrol DNA. Sampel yang diketahui dengan mutasi penuh (FM) memiliki suhu leleh yang lebih tinggi dibandingkan dengan sampel dengan premutasi (PM). Sementara itu, sisi kiri kontrol DNA merepresentasikan sampel normal yang tidak mengalami ekspansi alel.
Kesimpulan: Teknik triplet-primed PCR dilanjutkan dengan analisis kurva leleh mampu mendeteksi baik alel yang mengalami ekspansi maupun yang tidak mengalami ekspansi pada gen FMR1. Optimalisasi kondisi amplifikasi TP-PCR dan MCA memungkinkan metode ini menjadi lebih efisien dan aplikatif dalam pemeriksaan genetik FXS.

Actions (login required)

View Item