FADIL, MOHAMAD IHSAN (2026) REEF FISH BIODIVERSITY IN SORONG WATERS USING ENVIRONMENTAL DNA METABARCODING WITH THE OXFORD NANOPORE TECHNOLOGY PLATFORM (26dik609). Undergraduate thesis, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.

Text Mohamad Ihsan Fadil 26dik609.pdf Restricted to Repository staff only Download (6MB)

Abstract

Ikan karang merupakan komponen penting dari terumbu karang dan dikenal secara
luas sebagai indikator kesehatan ekosistem. Namun, penilaian biodiversitas di
wilayah dengan tingkat keanekaragaman tinggi, seperti Bird’s Head Seascape
(BHS), masih menjadi tantangan apabila hanya mengandalkan metode survei
konvensional visual sensus. Selain itu, penerapan metabarcoding DNA lingkungan
(eDNA) di perairan Sorong masih terbatas. Penilaian ini bertujuan untuk
menganalisis biodiversitas ikan terumbu di perairan Pulau Doom, Raam, dan
Matan, Sorong, menggunakan metabarcoding eDNA dengan primer universal
MiFish 12S dan teknologi sekuensing Oxford Nanopore, membandingkan spesies
ikan yang terdeteksi menggunakan metabarcoding eDNA dan Underwater Visual
Census (UVC), serta mengevaluasi potensinya sebagai metode pemantauan
biodiversitas jangka panjang. Sampel air diproses menggunakan primer universal
MiFish 12S dan disekuensing menggunakan platform Oxford Nanopore MinION,
kemudian dianalisis melalui pipeline bioinformatika untuk identifikasi taksonomi
dan analisis keanekaragaman. Sebanyak 83 spesies ikan yang tergolong ke dalam
40 famili berhasil diidentifikasi, menunjukkan tingginya keanekaragaman
komunitas ikan terumbu di lokasi penelitian serta memperkuat pentingnya perairan
Sorong sebagai kawasan dengan nilai ekologis yang tinggi. Selain itu,
metabarcoding eDNA secara konsisten mendeteksi lebih banyak spesies
dibandingkan dengan UVC, yang menunjukkan bahwa metabarcoding eDNA
merupakan pendekatan noninvasif yang menjanjikan serta berpotensi menjadi
metode pelengkap dalam pemantauan biodiversitas terumbu karang jangka panjang.

Actions (login required)

View Item