ZAHRA MUSTOFA, GHAIDA FATIMATUL (2026) IDENTIFIKASI MOLEKULER, FILOGENETIK, DAN ANALISIS HAPLOTIPE ASCIDIAN PADA STRUKTUR ARTIFICIAL DI PERAIRAN PANTAI JEPARA (26dsa244). Undergraduate thesis, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.

Text Ghaida Fatimatul Zahra M 26dsa244.pdf Restricted to Repository staff only Download (3MB)

Abstract

Ascidian merupakan biota bentik yang hidup menempel pada substrat keras,
termasuk struktur artificial di perairan laut. Keterbatasan informasi mengenai jenis
ascidian pada struktur artificial di Perairan Pantai Jepara, serta pentingnya
identifikasi berbasis molekuler, menjadi pentingnya dilakukan penelitian ini.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kualitas air di sekitar struktur artificial
perairan Pantai Jepara, mengidentifikasi spesies ascidian menggunakan pendekatan
DNA barcoding, serta menganalisis hubungan kekerabatan genetik melalui
kontruksi pohon filogenetik, dan keterkaitan haplotipe ascidian secara lokal
maupun dibandingkan dengan berbagai wilayah geografis global. Metode yang
digunakan adalah deskripstif eksploratif dengan pengambilan sampel pada tanggal
13 – 14 Agustus 2025 dilakukan di Perairan Pantai Jepara, serta analisis
laboratorium dilakukan pada bulan Oktober 2025 – April 2026 di Laboratorium
Tropical Marine Biotechnology (TMB), FPIK, Universitas Diponegoro. Hasil
pengukuran kualitas air di sekitar struktur artificial perairan pantai jepara
menunjukkan baik untuk kehidupan ascidian, terutama pada tingkat kecerahan.
Hasil penelitian menunjukkan dari delapan sampel ascidian yang dianalisis, hanya
satu sampel dengan kode PB1-02 yang berhasil di amplifikasi dan disekuensing.
Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwa sampel tersebut teridentifikasi sebagai
Botrylloides sp. dengan nilai query cover 97 % dan percent identify 93,78 %, serta
panjang sekuens sebesar 712 bp. Hasil analisis filogenetik menunjukan bahwa
sampel PB1-02 berada dalam satu klade dengan Botrylloides sp. FLMNH 869
dengan nilai bootstrap 74 % yang mengindikasikan hubungan kekerabatan genetik
yang kuat. Analisis haplotipe network menunjukkan adanya variasi genetik yang
terdiri atas haplotipe dengan frekuensi tinggi yang tersebar luas serta haplotipe lokal
dengan frekuensi rendah. Sampel penelitian yaitu hap_10 berada pada posisi paling
jauh dari pusat jaringan dan dipisahkan oleh beberapa mutasi poin, yang
mengindikasikan adanya variasi genetik yang tinggi dan menunjukan bahwa
ascidian memiliki kemampuan beradaptasi yang baik terhadap perubahan
lingkungan.

Actions (login required)

View Item