Pratiwi, Safira Oktafia (2026) Analisis Fenetik dan Evaluasi DNA matK dalam Analisis Filogenetik Ketela Pohon (Manihot esculenta Crantz) di Wilayah Kudus, Jawa Tengah. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Archive Safira Oktafia Pratiwi.zip Restricted to Repository staff only Download (7MB) | Request a copy
	Text 1. COVER.pdf Download (178kB)
	Text 2. HALAMAN PENGESAHAN TTD.pdf Download (443kB)
	Text 4. ABSTRAK.pdf Download (184kB)
	Text 5. ABSTRACT.pdf Download (191kB)
	Text 6. DAFTAR ISI.pdf Download (182kB)
	Text 12. BAB I PENDAHULUAN.pdf Download (247kB)
	Text 18. DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (346kB)

Abstract

Ketela pohon (Manihot esculenta Crantz) merupakan komoditas pangan dengan beragam aksesi
lokal yang telah banyak dikembangkan di Indonesia. Evaluasi kemampuan marker universal matK
dalam mengidentifikasi ketela pohon pada tingkat spesies dan aksesi lokal perlu dilakukan.
Penelitian ini mengombinasikan pendekatan fenetik dan molekuler berbasis marker matK untuk
mengevaluasi dua aksesi lokal ketela pohon yang berasal dari Wilayah Kudus. Penelitian ini
bertujuan mengevaluasi tingkat similaritas dua aksesi lokal serta efektivitas marker DNA maturase
K (matK) dalam diskriminasi taksonomi ketela pohon di wilayah Kudus. Dua aksesi lokal, yaitu
KTT dan KTS, dianalisis menggunakan pendekatan fenetik dan molekuler. Analisis fenetik
dilakukan dengan metode UPGMA menggunakan koefisien similaritas Gower, sedangkan analisis
molekuler dilakukan melalui amplifikasi DNA menggunakan tiga pasangan primer matK. Analisis
filogenetik dilakukan dengan metode Maximum Likelihood untuk memperoleh kandungan GC,
hubungan filogenetik, dan haplotipe. Hasil analisis fenetik menunjukkan indeks similaritas Gower
sebesar 29,6% antara aksesi KTT dan KTS, sehingga keduanya tergolong aksesi lokal yang
berbeda. Pemisahan aksesi terutama dipengaruhi oleh karakter anatomi epidermis akar dan korteks
daun. Primer 472F+1248R menunjukkan keberhasilan amplifikasi sebesar 100% pada seluruh
sampel, primer KIM 3F+1R sebesar 67% pada sampel KTT, sedangkan primer 390F+1326R gagal
mengamplifikasi seluruh sampel. Kandungan GC pada sampel KTT, KTS, dan M. esculenta
berkisar antara 32,4–32,9%. Hasil BLASTn menunjukkan bahwa sekuens hasil amplifikasi primer
472F+1248R memiliki kemiripan genetik 100% dengan Jacquemontia cf. glaucescens dan 99,61%
dengan M. esculenta. Primer 472F+1248R menghasilkan pengelompokan monofiletik bersama
beberapa spesies Manihot, sedangkan primer KIM 3F+1R menunjukkan kemampuan diskriminasi
yang lebih baik terhadap aksesi lokal Kudus dan kultivar M. esculenta. Dengan demikian, marker
matK memiliki kemampuan amplifikasi yang baik, tetapi daya diskriminasinya terbatas pada
tingkat intraspesifik.
Kata kunci: aksesi, amplikon, jarak genetik, jaringan, kultivar

(NO KETERSEDIAAN : 2275/B/2026)

Actions (login required)

View Item