Aryadini, Larasati Intan (2026) Analisis Keanekaragaman Spesies Ikan Air Tawar di Air Terjun Padangbulia, Bali Menggunakan Pendekatan eDNA. Undergraduate thesis, Fakultas Sains dan Matematika Undip.

	Archive Larasati Intan Aryadini.zip Restricted to Repository staff only Download (4MB) | Request a copy
	Text 1. COVER.pdf Download (188kB)
	Text 2. HALAMAN PENGESAHAN.pdf Download (173kB)
	Text 4. ABSTRAK.pdf Download (208kB)
	Text 5. ABSTRACT.pdf Download (189kB)
	Text 6. DAFTAR ISI.pdf Download (181kB)
	Text 10. BAB I PENDAHULUAN.pdf Download (273kB)
	Text 15. DAFTAR PUSTAKA.pdf Download (274kB)

Abstract

Pulau Bali merupakan bagian dari hotspot keanekaragaman hayati Sundaland yang
masih minim dieksplor secara molekuler, khususnya terkait ikan air tawar pada
habitat lotik seperti Air Terjun Padangbulia. Penelitian ini bertujuan
mengidentifikasi keanekaragaman spesies ikan air tawar menggunakan pendekatan
environmental DNA (eDNA) berbasis Oxford Nanopore Technology (ONT) serta
menganalisis fungsi ekologis, ekonomi, dan konservasinya. Sampel air diambil
pada tiga titik ulangan, kemudian dilakukan filtrasi (Pall filter paper 0,45 µm),
ekstraksi DNA (Zymo Quick-DNA™ Fecal/Soil Microbe Miniprep Kit), amplifikasi
(primer MiFish 12S-U), sekuensing (ONT MinION), dan analisis bioinformatika
meliputi basecalling (Dorado), penyaringan kualitas (NanoFilt), clustering
(VSEARCH, OTU 90%), taxonomy assignment (BLASTN, query coverage 90%),
serta visualisasi (R studio). Keanekaragaman dianalisis menggunakan Indeks
Shannon-Wiener dan Simpson melalui R package VEGAN. Hasil sekuensing
menghasilkan 1.200.950 reads. Setelah filtrasi, diperoleh sembilan spesies ikan air
tawar yang terdiri atas tiga spesies native Indonesia (Barbodes binotatus,
Cyclocheilichthys apogon, Sicyopterus microcephalus), tiga spesies introduksi
(Systomus sarana, Systomus orphoides, Poecilia reticulata), dan tiga spesies nonnative yang terindikasi false positive akibat keterbatasan database.
Keanekaragaman tertinggi ditemukan pada titik DBP012717 (H' = 5,016; 1-D =
0,987). Lima spesies ikan yang valid terdeteksi berperan ekologis sebagai predator
dan satu prey, bernilai ekonomi sebagai ikan hias, dan berstatus konservasi Least
Concern. Pendekatan eDNA berbasis ONT terbukti efektif namun masih terkendala
keterbatasan database referensi spesies lokal.
Kata kunci: eDNA metabarcoding, ikan air tawar, Bali, Oxford Nanopore
Technology, MiFish 12S

(NO KETERSEDIAAN : 2268/B/2026)

Actions (login required)

View Item