SATRITAMA, KEVIN ALFARADO (2024) ANALISIS DNA BARCODING DAN POHON FILOGENETIK KEPITING BAKAU ASAL PERAIRAN BREBES, JAWA TENGAH (24dsa491). Undergraduate thesis, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan.

Text Kevin Alfarado S 24dsa491 FULL.pdf Restricted to Repository staff only Download (2MB)

Abstract

DNA barcoding adalah metode identifikasi spesies berdasarkan
penggunaan kode DNA unik yang ditemukan dalam setiap organisme. Pohon
filogenetik kepiting bakau merupakan suatu analisis filogenetik yang dapat
memberikan gambaran tentang sejarah evolusi dan hubungan kekerabatan. Tujuan
penelitian ini untuk mengetahui identitas dan DNA barcoding kepiting bakau pada
level spesies di Perairan Brebes, serta mengetahui hasil pohon filogenetik antara
aplikasi MEGA XI dan iTOL. Penelitian ini dilakukan pada bulan September
2022 sampai Februari 2023 di Perairan Brebes. Metode yang digunakan adalah
metode deskriptif kualitatif. Pengambilan sampel dengan metode purposive
sampling. Analisis data menggunakan aplikasi MEGA XI. Hasil analisis
morfologi dan molekuler. Jumlah sampel yang diidentifikasi sebanyak 2 sampel
(BRJ dan BRB) diketahui bahwa kepiting Perairan Brebes merupakan spesies
Scylla paramamosain dan memiliki ciri karakteristik morfologi berupa warna
karapas hijau tua sampai coklat kehitaman, bagian luar chela berwarna hijau
oranye, frontal margin memiliki spine tajam, carpus dan chela memiliki spine
tumpul. Hasil homologi menunjukkan hasil sebesar 99,81% berdasarkan data
GenBank dan diidentifikasi sebagai Scylla paramamosain dengan referensi
Nomor Akses MZ393866.1. Kepiting Brebes jantan memiliki sekuens DNA
sepanjang 532 bp dan kepiting Brebes Betina memiliki panjang sekuens DNA
sepanjang 532 bp. Hasil pohon filogenetik menunjukkan Scylla paramamosain
berkerabat dekat dengan Scylla serrata, Scylla olivacea dan Scylla tranquebarica.
Analisis pohon filogenetik menggunakan metode neighbor-joining dan dengan
model perhitungan Maximum Likelihood (bootstrap 1000 kali pengulangan).
Hasil pohon filogenetik antara aplikasi MEGA dan aplikasi iTOL
adalahsama, dan perbedaan diantara aplikasi MEGA XI dan iTOL
tampilan antar muka dan pengoprasian aplikasi iTOL lebih sederhana
dan lebih menarik, perlu melakukan pengunduhan aplikasi mega
sedangkan iTOL dapat diakses secara gratis melalui web.

Actions (login required)

View Item