Ratnasari, Tuti and Fulyani, Faizah and Mahati, Endang (2023) Penapisan Senyawa Fitokimia Herbal Indonesia untuk Melawan SARS-CoV-2 Varian Omicron BA.4/BA.5 (Studi Molecular Docking, Analisis sifat mirip obat dan ADMET Fitokimia dengan Target Spike Glikoprotein Omicron BA.4/BA.5 dan RNA-dependent RNA polymerase SARS-CoV-2). Masters thesis, Universitas Diponegoro.

Text (ABSTRAK) Abstrak Tesis.pdf Download (14kB)

Abstract

COVID-19 pertama kali ditemukan di Wuhan, Cina. Penyakit yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 ini menyebar luas dan cepat menyebabkan pandemi. WHO menetapkan variant of concern (VOC) SARS-CoV-2 menjadi alpha, beta, gamma, delta dan omicron. Omicron memiliki lebih dari 30 mutasi pada spike yang menyebabkan meningkatnya afinitas ikatan, transmisibilitas lebih tinggi, resisten terhadap vaksin, dan mampu menetralisasi sistem imun, sehingga angka reinfeksi lebih tinggi. Receptor-binding domain (RBD) spike berperan dalam membentuk ikatan dengan reseptor human angiotensin converting enzyme 2 (ACE2), sedangkan RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) memiliki peran dalam proses sintesis RNA virus, hal ini penting untuk proses replikasi / transkripsi virus. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan penapisan senyawa fitokimia herbal Indonesia yang berpotensi sebagai terapi SARS-CoV-2 dengan menghambat spike dan RdRp. Dari 6776 fitokimia, terdapat 5820 fitokimia yang memenuhi kriteria dan dilakukan molecular docking menggunakan Autodock Vina. Analisis sifat mirip obat dan profil ADMET (adsorbsi, distribusi, metabolisme, ekskresi dan toksisitas) dilakukan pada 10 fitokimia terbaik. Glycobismine F memiliki afinitas ikatan tertinggi dengan spike BA.4/5 yaitu -9.2 kkal/mol, memiliki 6 ikatan hidrogen. Sedangkan glycobismine G merupakan fitokimia yang berikatan dengan RdRp dengan afinitas yaitu -11.1 kkal/mol, memiliki 6 ikatan hidrogen. Glycobismine F dan Glycobismine G dapat ditemukan pada tanaman Glycosmis citrifolia dan Glycosmis pentaphyll.
Kata kunci: molecular docking, omicron, spike glikoprotein, RNA-dependent RNA polymerase, fitokimia herbal Indonesia

Actions (login required)

View Item